Βασική αποστολή του Τμήματος είναι η απρόσκοπτη και σύννομη Οικονομική – Διαχειριστική και Διοικητική λειτουργία του Προγράμματος.
Τα καθήκοντα του Τμήματος συνοπτικά αφορούν στην:
• Εφαρμογή της νομοθεσίας και της πολιτικής του ΚΕΘΕΑ, που αφορά στις εργασιακές σχέσεις, τις διαδικασίες περί προμηθειών, την ταμειακή διαχείριση, την χρήση του εξοπλισμού και των εγκαταστάσεων του Προγράμματος.
• Κατάρτιση του ετήσιου προϋπολογισμού του Προγράμματος και φροντίδα πιστής εφαρμογής του.
• Κατάρτιση μηνιαίων απολογιστικών στοιχείων αλλά και ετήσιου απολογισμού του Προγράμματος.
• Κατάρτιση εσωτερικών κανονισμών για την ορθολογικότερη χρήση των παγίων του Προγράμματος.
• Ενημέρωση των συνεργατών και των δωρητών (πρόσωπα, Φορείς, κ.α), για τη φιλοσοφία του Φορέα και την πολιτική του σχετικά με το αντικείμενο επαφής (κατασκευαστικά έργα, επιχορηγήσεις, δωρεές, κ.α).